自身免疫：生殖免疫学研究表明，男性自身免疫影响生育能力，抗精子抗体影响精子的产生与输送。
染色体异常：染色体畸变严重影响精子密度、活动率和形态，出现少精。
内分泌异常：男性正常的生精功能依赖于下丘脑垂体性腺轴功能的正常，其中任何一个环节的障碍影响生精功能，除此之外，甲状腺、肾上腺疾病也影响生殖腺功能而变得少精。
精索静脉曲张：精索静脉曲张时，睾丸局部温度升高，血管活性物质增加，影响睾丸的生精功能，而精索静脉曲张程度与精子质量不成比例，是精索静脉曲张时常见的引起少精的原因之一。
泌尿系感染：附属生殖腺慢感染性，影响以精液中各种检查指标，出现少精症。
睾酮：睾酮是影响精液质量的重要原因之一。 由于单侧睾酮约60%的患者不育，如果精子密度低，存在睾酮，应尽早治疗。
